Зе Педро, родившийся 6 июня 1997 года в Гимарайнше (Португалия), начал свою футбольную карьеру в местном клубе Витория де Гимарайнш в возрасте девяти лет. После завершения юношеской карьеры в Визеле, он провел шесть сезонов в португальской третьей лиге, выступая за такие клубы, как Визела, Торкатенсе, Фафе, Брага B и Эштрела да Амадора. В сезоне 2020–21 он помог последнему клубу выйти во вторую лигу, сыграв в 28 матчах и забив пять голов. В июле 2021 года Зе Педро подписал трехлетний контракт с Порту за 250 тысяч евро и 80% спортивных прав. Дебютировав в профессиональном футболе 7 августа 2021 года, он забил свой первый гол уже в следующем месяце. В декабре 2021 года он впервые сыграл за основную команду Порту, а в сентябре 2023 года продлил контракт до 2026 года. Первый гол в высшей лиге он забил 9 декабря 2023 года в матче против Каса Пиа.